Voir :
http://physicspmb.ukzn.ac.za/index.php/Gnuplot_tutorial
et 
http://www.duke.edu/~hpgavin/gnuplot.html

Installer gnuplot :
$sudo apt-get install gnuplot

Tracer un graphique à partir d'un fichier :

Soit le fichier force.dat :
# This file is called   force.dat
# Force-Deflection data for a beam and a bar
# Deflection    Col-Force       Beam-Force 
     0.000              0              0    
     0.001            104             51
     0.002            202            101
     0.003            298            148
     0.0031           290            149
     0.004            289            201
     0.0041           291            209
     0.005            310            250
     0.010            311            260
     0.020            280            240

On veut un graphique Col-Force (en x ) en fonction de Deflection (en y)
les lignes commençant par # sont des commentaires :
$gnuplot
gnuplot>plot "force.dat" using 1:2 title 'MyTitle'
Si le résultat convient faire un png avec le graphique
gnuplot> set terminal png enhanced
gnuplot> set output 'mygaphic.png'
gnuplot>plot "force.dat" using 1:2 title 'MyTitle'

Pour revenir au terminal 
gnuplot> set term X11 enhanced
gnuplot> set out

Pour faire d'autre format voir les options possibles avec set terminal